Exigences d'échantillon
Quantité minimale, concentration, RIN et pureté pour le RNA-seq bulk, les petits ARN, la cellule unique et le spatial. Y compris ce que nous acceptons en matériel dégradé et FFPE, où le seuil de RIN habituel ne s'applique pas.
Plateforme Transcriptomique
L'ARN peut être soumis dans de l'eau sans RNase, un réactif de stabilisation ARN, ou du Tris 10mM pH 8,0. L'ARN total doit être exempt d'ADN, avec A260/A280 ≥ 1,8, A260/A230 ≥ 1,8 et RIN ≥ 6. Expédier sur glace carbonique. Ces exigences s'appliquent à notre plateforme Transcriptomique (RNA-seq bulk et validation RT-qPCR).
| Service | Type d'échantillon | Quantité recommandée | Quantité minimale | Concentration minimale |
|---|---|---|---|---|
| Séquençage du transcriptome entier | ARN total | ≥ 3 µg | 1 µg | 20 ng/µL |
| Séquençage ARN à faible quantité d'entrée | ARN total | ≥ 20 ng | 20 pg | 1 pg/µL |
| Séquençage ARNm | ARN total | ≥ 500 ng | 200 ng | 20 ng/µL |
| Cellules | ≥ 1×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 50 mg | 10 mg | — | |
| Séquençage ARN total / LncRNA | ARN total | ≥ 2 µg | 500 ng | 50 ng/µL |
| Cellules | ≥ 2×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 500 mg | 100 mg | — | |
| Séquençage ARNc (digestion de l'ARN linéaire) | ARN total | ≥ 5 µg | 2 µg | 50 ng/µL |
| Cellules | ≥ 2×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 500 mg | 100 mg | — | |
| Métatranscriptome | ARN total | ≥ 4 µg | 3 µg | 50 ng/µL |
| Cellules | ≥ 5×10⁶ | — | — | |
| Échantillons environnementaux | ≥ 1,5 g | — | — | |
| Séquençage ARN bactérien | ARN total | ≥ 1 µg | — | — |
| Cellules | ≥ 1×10⁷ | — | — | |
| TCR-seq | ARN total | ≥ 100 ng | — | 10 ng/µL |
| Ribo-seq | Cellules | ≥ 5×10⁶–10⁷ | — | — |
| Tissu | ≥ 400 mg | 200 mg | — | |
| RNA-seq double | ARN total | ≥ 1 µg | 200 ng | 10 ng/µL |
| Cellules | ≥ 5×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 500 mg | 100 mg | — | |
| Séquençage ARN exosomal | ARN total | ≥ 100 ng | — | 20 ng/µL |
| Surnageants cellulaires | ≥ 15 mL | — | — | |
| Sérum, plasma | ≥ 1 mL | — | — |
Le Séquençage ARN exosomal ci-dessus couvre l'analyse du contenu sur notre plateforme Exosomes & VE. L'isolement et la caractérisation des VE (NTA, Western blot) utilisent les mêmes volumes de biofluide de départ. Confirmez le volume exact avec nous si vous avez besoin d'un isolement seul, sans RNA-seq.
Plateformes Transcriptomique & Génomique
Le ScRNA-seq et le 10X Visium sont réalisés sur notre plateforme Transcriptomique ; le scATAC-seq et le séquençage du génome de cellule unique sont réalisés sur notre plateforme Génomique.
| Service | Type d'échantillon | Quantité & qualité recommandées | Quantité & qualité minimales |
|---|---|---|---|
| ScRNA-seq | Suspension de cellules uniques, tissu frais | 2×10⁶ cellules | 1×10⁶ cellules |
| SnRNA-seq | Tissu congelé instantanément | ≥ 100 mg (merci de nous contacter pour plus de détails) | |
| Transcriptome spatial 10X Visium | Tissu inclus en OCT, FFPE | Section de 6,5 mm × 6,5 mm | |
| scATAC-seq | Suspension de noyaux de cellules uniques | 1×10⁶ · noyaux <40 µm, membrane intacte, proportion intacte >95 % | 5×10⁵ |
| Suspension de cellules uniques | ≥1×10⁶ · viabilité >80 %, 700–1200 cellules/µL | 5×10⁵ | |
| Tissu frais | 200 mg | — | |
| Sang total (EDTA) | ≥ 5 mL | — | |
| Séquençage du génome de cellule unique | Cellules | 1–10³ · conservées en 1× PBS (sans Ca²⁺/Mg²⁺), ≤2 µL de volume | — |
| ADN | — | ≥ 0,5 pg | |
| ScRRBS | Lignées cellulaires, cellules primaires, tissu frais, cellules congelées | Tubes PCR 200 µL, 5 µL de lysat/tube, ≤1 µL de tampon lors du prélèvement des cellules · ≥3 réplicats biologiques | |
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