Exigences d'échantillon ARN et valeurs de RIN

Plateforme NGS & Biologie moléculaire

Exigences d'échantillon pour le service de séquençage ARN

L'ARN peut être soumis dans de l'eau sans RNase, un réactif de stabilisation de l'ARN, ou du Tris 10mM pH 8,0. L'ARN total doit être exempt d'ADN, avec un OD260/280 ≥ 1,8, OD260/230 ≥ 1,8 et un RIN ≥ 6. Expédier sur glace carbonique. Ces exigences s'appliquent à notre plateforme NGS & Biologie moléculaire (RNA-seq en masse et validation RT-qPCR).

Note sur la concentration. Les valeurs ci-dessous supposent une mesure par fluorométrie. Si vous utilisez la spectrophotométrie (ex. Nanodrop) à la place, augmentez les concentrations d'environ 2×.

Matériel dégradé et FFPE. Le RIN suppose un ARN intact et cesse d'être informatif sur du matériel d'archive, du FFPE ou tout échantillon fragmenté. Nous lisons alors le DV200 — la part des fragments de plus de 200 nucléotides. Au-dessus de 70 %, le matériel se comporte comme un ARN intact ; entre 50 et 70 %, c'est de la routine ; entre 30 et 50 %, cela fonctionne encore mais demande davantage de matériel et une chimie de librairie qui ne repose pas sur des transcrits intacts ; en dessous de 30 %, nous vous le disons avant l'expédition, pas après. Envoyez-nous le profil TapeStation ou Bioanalyzer et nous fixons la quantité d'entrée avec vous. Il en va de même pour toute matrice à faible biomasse ou inhabituelle : là où nous n'avons pas encore traité votre type d'échantillon, nous commençons par un petit lot de faisabilité plutôt que par un engagement à l'aveugle.

Services de séquençage ARN5 services · voir le tableau complet +

Service	Type d'échantillon	Quantité recommandée	Quantité minimale	Concentration minimale
Séquençage du transcriptome entier / ARNlnc	ARN total	≥ 3 µg	1 µg	20 ng/µL
Séquençage ARN faible quantité	ARN total	≥ 20 ng	1 ng	50 pg/µL
Séquençage ARNm	ARN total	≥ 500 ng	200 ng	20 ng/µL
	Cellules	≥ 1×10⁶	—	—
	Tissu	≥ 50 mg	10 mg	—
Métatranscriptome	ARN total	≥ 4 µg	3 µg	50 ng/µL
	Cellules	≥ 5×10⁶	—	—
	Échantillons environnementaux	≥ 1,5 g	—	—
Séquençage ARN exosomal	ARN total	≥ 100 ng	—	20 ng/µL
	Surnageants cellulaires	≥ 15 mL	—	—
	Sérum, plasma	≥ 1 mL	—	—

Le Séquençage ARN exosomal ci-dessus couvre l'analyse du cargo sur notre plateforme Exosomes & VE. L'isolement et la caractérisation des VE (NTA, Western blot) utilisent les mêmes volumes de biofluide de départ. Confirmez le volume exact avec nous si vous avez besoin d'un isolement seul, sans RNA-seq.

Exigences d'échantillon pour le service de séquençage ARN

Indiquez-nous votre type d'échantillon et votre question biologique, nous cadrerons la bonne plateforme.