Prestation de contrôle qualité ADN et ARN

Ce que nous mesurons

Trois grandeurs, chacune avec l'instrument qui la mesure correctement :

• La concentration par fluorométrie (Qubit), qui ne lit que l'acide nucléique visé.
• La pureté, par les ratios 260/280 et 260/230, avec 1,8 à 2,1 comme cible habituelle sur l'ADN.
• L'intégrité, par électrophorèse Bioanalyzer ou TapeStation, notée en RIN pour l'ARN et en DIN pour l'ADN.

Pourquoi une mesure séparée vaut son prix

Un spectrophotomètre lit tout ce qui absorbe à 260 nm, y compris les nucléotides libres et les contaminants résiduels. Il surestime donc, souvent d'un facteur deux. Un fluorimètre se lie à la cible et ignore le reste.

C'est cet écart qui explique la consigne de nos tableaux d'exigences : augmenter les concentrations d'environ 2× si la mesure vient d'un Nanodrop. Connaître le vrai chiffre avant qu'une cohorte parte en préparation de librairies coûte une fraction du run que cela protège.

Quand cela a du sens séparément

Quatre situations reviennent régulièrement :

• Avant d'engager une cohorte entière en séquençage, chez nous ou ailleurs.
• Après un stockage long, quand l'intégrité a pu dériver.
• Après un run raté ou décevant, pour établir si l'entrée en était la cause.
• Quand un collaborateur ou un relecteur demande une mesure indépendante et documentée.

Le rapport

Un rapport QC documenté accompagne chaque lot, rédigé pour être prêt pour l'audit. C'est le même rapport qui accompagne tous les livrables OMICS4 : un projet qui commence ici et se poursuit sur une autre plateforme garde une trace continue. Les exigences d'entrée sont sur les pages ADN et ARN.