Plateformes & Technologies

Quatre plateformes réservables, de l'échantillon au jeu de données.

Chaque plateforme ci-dessous fonctionne selon des protocoles documentés avec QC à chaque étape. Réservez directement une seule catégorie, combinez-en plusieurs en un projet, ou faites appel à un partenaire nommé pour une technique spécifique.

Déjà client validé, pour une prestation de routine ? L'extraction, le contrôle qualité, la PCR, la qPCR, la dPCR et le séquençage Sanger sont disponibles au prix catalogue sur notre boutique en ligne, directement depuis votre espace client. Sans passer par un devis.

Cadrage scientifique 01 Préparation des échantillons 02 Extraction & QC 03 Génomique 04 Transcriptomique 05 PCR quantitative & Génotypage 06 Protéomique 07 Métagénomique & Microbiome 08 Exosomes & VE Forfaits Multi-Omics Plateformes Combo

Vous ne savez pas par où commencer ?

Décrivez votre projet en une phrase. Nous vous suggérerons la bonne plateforme.

Une recherche rapide par mots-clés dans notre catalogue, single-omics, multi-omics ou combo, pas un substitut à un échange avec notre équipe, mais un premier repère rapide.

Essayez : « vésicules extracellulaires à partir de plasma », « génotypage SNP », « microbiome intestinal + ARN hôte », « génome entier et RNA-seq ensemble »…

Avant de réserver

Cadrage scientifique

Tous les projets ne démarrent pas avec une liste de paramètres claire. Notre service de cadrage vous met en relation avec notre équipe scientifique pour une étude structurée de votre question : bibliographie, une ou plusieurs réunions scientifiques, et une définition écrite du protocole & des paramètres, avant de réserver l'une des plateformes ci-dessous.

Bibliographie & revue de littérature

Une revue structurée des travaux publiés pertinents encadrant votre question et les approches antérieures.

Réunion(s) scientifique(s)

Une ou plusieurs sessions de travail avec notre équipe scientifique pour discuter faisabilité, options et compromis.

Définition des paramètres & du protocole

Une définition écrite des paramètres expérimentaux, des exigences d'échantillon et de la combinaison de plateformes adaptée à votre projet.

Rapport de cadrage (livrable)

Un document écrit que vous conservez, utilisable pour avancer avec nous, ou ailleurs.

Un service payant, réservable comme un créneau de plateforme. Si le projet qui en résulte est réservé avec nous, les frais de cadrage peuvent être crédités sur celui-ci : au cas par cas, confirmé au moment de la réservation. Pour un engagement plus complet avec un responsable de projet dédié jusqu'à la publication, voir le programme Collaborative Research de GenXMap.

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Extraction & contrôle qualité des échantillons

Extraction d'ADN, cfDNA, ARN, petits ARN, cfRNA et protéines, avec QC documenté à la réception, après extraction et avant librairie. Chaque lot est livré avec son rapport QC.

Extraction ADN, ARN & protéines

Rendement et pureté élevés sur sang, tissu, cellules, FFPE, salive, plasma, selles et bactéries.

Concentration & pureté

Quantification fluorométrique (Qubit) et évaluation des ratios 260/280 et 260/230.

Intégrité

Électrophorèse Bioanalyzer / TapeStation pour le score RIN/DIN.

Réception, logistique & biobanking

Chaîne de traçabilité documentée de la réception au stockage, avec biobanking traçable de longue durée pour archivage et ré-analyse.

Fiche plateau (PDF)

Rapport QC

Un rapport QC documenté accompagne chaque lot, prêt pour l'audit.

Fiche plateau (PDF)

Sourcing de matériel biologique

Sourcing de matériel humain qualifié via notre réseau de biobanques partenaires, sur demande.

1,8–2,1Pureté (260/280)
QubitVérification de la concentration
BioanalyzerÉvaluation de l'intégrité
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NGS & Biologie moléculaire

Séquençage et quantification ciblée, du génome entier à une cible génique unique : génomique, transcriptomique, métagénomique et tests PCR, réalisés selon des protocoles documentés avec QC à chaque étape.

Génomique

Séquençage du génome entier et de l'exome, plus panels ciblés pour biomarqueurs, variants et gènes de maladie.

Séquençage du génome entier & de l'exome

Profilage à l'échelle du génome, ou couverture profonde des régions codantes, livré en FASTQ contrôlé qualité.

Séquençage ciblé

Panels ciblés pour biomarqueurs, variants et gènes de maladie.

Livraison FASTQ

Livraison de données sécurisée, rapide et fiable via le cloud.

≥ Q30Sur > 90 % des bases
30XProfondeur WGS standard
100XProfondeur panel type
≥ 80 %Des bases cibles à 20X ou plus
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Transcriptomique

Séquençage bulk, petits ARN et cellule unique pour le profilage d'expression et l'hétérogénéité cellulaire.

RNA-seq bulk

Profilage à l'échelle du transcriptome sur ARN total ou sélectionné poly-A, librairies orientées.

Séquençage des petits ARN

Profilage des miARN et autres petits ARN, avec une chimie de librairie dédiée.

RNA-seq cellule unique

Résolution à l'échelle de la cellule unique pour l'hétérogénéité cellulaire et les populations rares.

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Métagénomique

Séquençage 16S et shotgun pour le profilage des communautés microbiennes et les études hôte-microbiome.

Séquençage 16S rRNA

Profilage taxonomique des communautés bactériennes.

Métagénomique shotgun

Séquençage de la communauté entière pour une résolution au niveau de la souche et le potentiel fonctionnel.

Études hôte-microbiome

Transcriptomique de l'hôte et profilage du microbiome sur les mêmes échantillons.

Voir notre page secteur Maladies infectieuses & microbiome pour les applications.

Fiche plateau (PDF)

Quantification ciblée : PCR, qPCR & dPCR

PCR, qPCR, RT-qPCR et dPCR pour la quantification absolue et relative sur un ensemble défini de cibles.

qPCR

Quantification relative et absolue avec une haute reproductibilité, y compris les tests de détection de pathogènes.

PCR digitale (dPCR)

Quantification absolue pour cibles rares et variants à faible abondance.

Génotypage

Génotypage SNP et dosages du nombre de copies.

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Validation RT-qPCR

Validation ciblée des transcrits clés issus des données de séquençage.

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Protéomique

Analyse protéique ciblée et non ciblée pour le profilage d'expression et la recherche de biomarqueurs.

La protéomique par spectrométrie de masse est réalisée en interne. Les panels de biomarqueurs sont délivrés avec notre partenaire spécialisé, MIPP : même point de contact unique, mêmes standards QC.

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04 / 04

Exosomes & VE

Profilage du contenu : ARN et protéines des vésicules isolées, pour la signature biologique et la découverte de biomarqueurs.

Réserver cette plateforme Fiche plateau (PDF)
Niveau 2 · Forfaits internes

Forfaits Multi-Omics

Combinez deux ou plusieurs services en un seul projet coordonné, avec chaque couche générée sur le même lot d'extraction. Les exemples ci-dessous sont des points de départ, et toute combinaison peut être cadrée.

Forfait Multi-Omics

Forfait Génome + Transcriptome

Séquençage du génome entier ou de l'exome associé au RNA-seq sur les mêmes extractions d'ADN et d'ARN, pour les études reliant la variation de séquence à ses conséquences sur l'expression.

S'appuie sur : NGS & Biologie moléculaire (Génomique + Transcriptomique) Se renseigner sur ce forfait
Forfait Multi-Omics

Forfait Transcriptome + Protéome

RNA-seq associé à la protéomique par spectrométrie de masse sur des échantillons appariés, pour les études où le niveau de transcrit seul ne prédit pas l'abondance protéique.

S'appuie sur : NGS & Biologie moléculaire (Transcriptomique) + Protéomique Se renseigner sur ce forfait
Forfait Multi-Omics

Forfait Découverte + Validation

RNA-seq sur une cohorte de découverte, suivi d'une validation RT-qPCR ou dPCR des cibles sélectionnées sur l'ensemble de l'échantillon.

S'appuie sur : NGS & Biologie moléculaire (Transcriptomique, RT-qPCR & dPCR) Se renseigner sur ce forfait

Les exemples ci-dessus sont des points de départ illustratifs, pas un menu figé. Indiquez-nous votre projet et nous cadrerons la bonne combinaison. Besoin de concevoir et mener tout le projet scientifique, pas seulement de réserver des plateformes : conception de protocole, connexion des bonnes plateformes, intégration de données multi-omics, jusqu'à la publication ? C'est le programme Collaborative Research de GenXMap, avec un responsable de projet dédié de niveau doctorat comme point de contact unique.

Découverte de biomarqueurs

Biomarker Xplorer

Pour les projets où le biomarqueur est le livrable, pas seulement la donnée. La combinaison de plateformes se définit par la question plutôt que d'être fixée à l'avance, et peut mobiliser nos propres plateformes, la Biologie Computationnelle & IA de GenXMap et notre réseau de partenaires.

Découverte de biomarqueurs

Forfait Biomarker Xplorer

Conçu pour les projets de découverte de biomarqueurs. Quand la question scientifique l'exige, ce forfait mobilise l'ensemble des moyens disponibles : les plateformes propres d'OMICS4, la Biologie Computationnelle & IA de GenXMap, et notre réseau de partenaires, cadrés et livrés comme un seul projet coordonné avec un suivi d'échantillons unifié.

S'appuie sur : les plateformes OMICS4, la Biologie Computationnelle & IA de GenXMap et notre réseau de partenaires, si nécessaire Cadrer un projet de découverte de biomarqueurs
Collaborations phares

Plateformes Combo

Chaque plateforme conjointe est née d'un besoin, et est devenue un workflow construit avec nos partenaires, réunissant des expertises et des équipements complémentaires. Distinctes de nos propres forfaits Multi-Omics, qui combinent nos catégories en interne, chaque plateforme combo s'appuie sur l'une de nos 4 catégories, plus l'expertise et l'équipement dédiés d'un ou plusieurs partenaires nommés.

Plateforme Combo

Plateforme de test in vitro

OMICS4×CTI Biotech×DIVA Expertise×PKDERM

Vous nous envoyez la molécule, nous vous renvoyons le résultat. Avec nos partenaires, nous sélectionnons le modèle cellulaire ou tissulaire humain, appliquons votre composé et menons le traitement. Nous procédons ensuite à l'extraction, au QC et au profilage transcriptomique. Un seul projet, un seul point de contact, du composé aux données d'expression.

S'appuie sur : NGS & Biologie moléculaire Se renseigner sur cette plateforme
Plateforme Combo

Plateforme de caractérisation des exosomes

OMICS4×Faculté de Pharmacie de Marseille, Aix-Marseille Université

Un workflow dédié de caractérisation des exosomes/VE combinant la capacité d'isolement et d'analyse du contenu d'OMICS4 avec l'équipement spécialisé de caractérisation de nanoparticules de la Faculté de Pharmacie de Marseille, conçu pour un dimensionnement, un comptage et une validation des marqueurs de VE d'une résolution supérieure à ce que chaque partenaire réalise seul.

S'appuie sur : Exosomes & VE Se renseigner sur cette plateforme
Plateforme Combo

Plateforme Transcriptomique 360°

OMICS4×Explicyte×Parean Biotechnologies

Trois regards sur le même transcriptome, sur un seul plan et un seul jeu d’échantillons. Le RNA-seq bulk tourne sur nos propres plateaux et dit ce qui a changé ; le single-cell avec Parean Biotechnologies dit dans quelles cellules ; la transcriptomique spatiale avec Explicyte dit où dans le tissu. Achetés séparément, les trois se recoupent rarement. Menés ensemble, ils se lisent comme une seule interprétation plutôt que comme trois rapports à réconcilier.

S’appuie sur : NGS & Biologie moléculaire (Transcriptomique) Se renseigner sur cette plateforme

Le détail scientifique est sur genxmap.com.

Vous ne savez pas quelle plateforme convient à votre projet ?

Indiquez-nous votre type d'échantillon et votre volume. Nous vous recommanderons la bonne plateforme.

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