Par type d'échantillon

Protocoles de prélèvement, par type d'échantillon

Sang, tissu frais ou congelé, blocs FFPE, salive, écouvillons, selles, culture cellulaire : comment prélever, stabiliser et conserver chacun, et quelle quantité envoyer. On part de votre échantillon, pas de la technique.

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Conseils généraux

Quantités suggérées par type d'échantillon

Une référence rapide si vous ne savez pas encore quel service vous convient. Pour les exigences exactes, faites correspondre votre service cible aux tableaux ci-dessus.

Cellule

Qté
1×10⁶ cellules
Expédition
Glace carbonique

Tissu frais congelé

Qté
10 mg
Expédition
Glace carbonique

FFPE

Qté
≥4 lames, 5–20 µm, >150 mm²
Expédition
Température ambiante / pain de glace

Particules virales

Qté
5×10⁹
Expédition
Glace carbonique

Selles

Qté
100 mg
Expédition
Glace carbonique

Écouvillons

Qté
2 tubes/échantillon, 1 écouvillon/tube
Expédition
Température ambiante

Salive

Qté
1 mL
Expédition
Glace carbonique / pain de glace

Sol

Qté
100 mg
Expédition
Température ambiante / pain de glace

Eau

Qté
50 mL
Expédition
Température ambiante / pain de glace

Plasma / sérum

Qté
10 mL
Expédition
Glace carbonique

Sang total : frais (EDTA)

Qté
2 mL
Expédition
Pain de glace

Sang total : congelé (EDTA)

Qté
4 mL
Expédition
Glace carbonique

Sang total : PAXgene, congelé

Qté
2,5 mL
Expédition
Glace carbonique

Sang total : tube ARN Tempus

Qté
3 mL
Expédition
Glace carbonique

Fluides corporels : ADNg

Qté
500 µL
Expédition
Pain de glace

Fluides corporels : ADN acellulaire

Qté
500–10 000 µL
Expédition
Glace carbonique

Étape par étape

Protocoles d'échantillonnage par type d'échantillon

Étapes détaillées de collecte et de conservation pour les types d'échantillons les plus courants. Vous ne savez pas lequel s'applique à vous, ou vous travaillez avec quelque chose qui n'est pas listé ? Demandez-nous : nous conseillons couramment sur la préparation d'échantillon avant le démarrage d'un projet.

Cellules adhérentes
  1. Vérifiez les cellules au microscope pour une bonne condition de croissance (une confluence normale est d'environ 80 %).
  2. Retirez le milieu de culture et rincez rapidement, deux fois, avec du tampon PBS pré-refroidi.
  3. Placez la boîte sur glace, ajoutez du PBS pré-refroidi, et grattez les cellules avec un grattoir propre, en inclinant la boîte pour que le tampon s'écoule d'un côté. Pipetez dans un tube à centrifuger pré-refroidi et centrifugez à 500–600 g, puis jetez le surnageant.
  4. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Suspension cellulaire
  1. Remettez délicatement les cellules en suspension depuis la bouteille/boîte de culture avec une pipette et transférez dans un tube à centrifuger de 15 mL.
  2. Centrifugez à 400–1000 g, 4 °C, pendant 5–10 minutes. Jetez le surnageant.
  3. Lavez le culot deux fois avec du PBS pré-refroidi, gardez sur glace, jetez le surnageant.
  4. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Tissu animal
  1. Immédiatement après l'isolement, retirez le tissu conjonctif et adipeux non nécessaire à l'étude. Coupez les échantillons volumineux en petits morceaux (≤0,5 cm de côté).
  2. Rincez rapidement avec une solution saline ou du PBS pré-refroidis, séchez avec du papier non pelucheux, et placez dans un tube à centrifuger de 1,5–2 mL.
  3. Congelez instantanément et stockez à −80 °C. Divisez les échantillons volumineux en aliquotes.
Tissu végétal & fongique
  1. Lavez les échantillons frais immédiatement avec de l'eau DEPC et séchez avec du papier non pelucheux.
  2. Coupez en morceaux de 1–2 cm ou 50–100 mg et placez dans des tubes de 2, 15 ou 50 mL.
  3. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Échantillons bactériens
  1. Recueillez le liquide bactérien dans un tube à centrifuger de 50 mL, centrifugez à 3000–5000 g / 10 min à 4 °C pour culotter les bactéries, et retirez autant de milieu de culture que possible.
  2. Lavez deux fois avec 5–10 mL d'eau stérile ou de PBS, transférez dans un tube de 1,5–2,0 mL, centrifugez à 1500 tr/min / 10 min à 4 °C, jetez le surnageant et conservez le culot.
  3. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Sang total
  1. Recueillez dans un milieu adapté (ex. QIAGEN PAXgene) en suivant les instructions du fabricant : >500 µL par tube, 2 tubes par échantillon.
  2. Échantillons frais : conservez et expédiez réfrigérés avec un pack de glace humide/bleue.
  3. Échantillons congelés : expédiez en overnight, congelés, emballés avec un rembourrage bulle protecteur, glace carbonique entourant tous les côtés.
  4. Pour les tubes PAXgene ARN, recueillez >2,5 mL de sang (rendement attendu ≈ >3 µg d'ARN).
Plasma
  1. Prélevez 10 mL de sang total dans des tubes EDTA (bouchon violet) de 5 mL. Mélangez délicatement ; le sang total peut se conserver à 4 °C jusqu'à 1 h avant traitement.
  2. Centrifugez à 1900 g, 4 °C, 10 min avec un rotor à godets. Aspirez soigneusement le plasma, en écartant les derniers 500 µL près de l'interface.
  3. Re-centrifugez le plasma à 3000 g, 4 °C, 15 min, en évitant le sédiment.
  4. Sous-conditionnez dans des tubes EP et congelez à −80 °C, en évitant les cycles répétés de congélation/décongélation.
Sérum
  1. Recueillez 10 mL de sang dans un tube sérum simple (sans anticoagulant).
  2. Laissez reposer 30 min à température ambiante, puis 3–4 h à 4 °C jusqu'à coagulation.
  3. Aspirez le sérum jaune pâle (~4 mL) dans un tube de 15 mL et centrifugez à 3000 g, 4 °C, 15 min. Transférez le surnageant dans un tube neuf.
  4. Congelez à −80 °C dans les 15 minutes suivant la centrifugation pour éviter les cycles répétés de congélation/décongélation.
PBMC
  1. Recueillez au moins 7,5 mL de sang pour l'isolement.
  2. Remettez les PBMC en suspension dans RPMI 1640 + 10 % FBS, en ajustant la concentration à 1×10⁶–1×10⁷ cellules/mL.
  3. Centrifugez 10–15 min à 350 × g et jetez le surnageant.
  4. Congelez instantanément le culot à l'azote liquide et stockez à −80 °C. Les culots nécessitent au moins 10⁶ cellules et doivent être expédiés sur glace carbonique.
FFPE (fixé au formol, inclus en paraffine)
  1. Environ 80 mg de tissu sont nécessaires par échantillon.
  2. Nettoyez le tissu avec du PBS ou une solution saline, puis immergez-le entièrement dans du fixateur formaldéhyde dans les 30 minutes suivant le prélèvement. Scellez le récipient avec un film d'étanchéité.
  3. Fixez le tissu frais pendant 24 h maximum (ou selon les instructions du kit de prétraitement). Les blocs/lames FFPE peuvent être expédiés à température ambiante.
Corps d'eau / membrane filtrante
  1. Prélevez au moins 1–2 L d'eau (une eau légèrement trouble convient).
  2. Transportez à basse température tout au long.
  3. Sélectionnez la taille de pore de la membrane filtrante selon votre cible de recherche.
  4. Après congélation à l'azote liquide, placez dans un tube stérile sans RNase et expédiez sur glace carbonique.
Urine
  1. Recueillez dans un tube de 15 ou 50 mL, centrifugez à 300 g, 4 °C, 10 min, et transférez le surnageant dans un tube propre sans perturber le sédiment.
  2. Centrifugez à nouveau à 3000 g, 4 °C, 15 min pour retirer cellules/fragments. Congelez le surnageant à −80 °C avant livraison, en évitant les cycles répétés de congélation/décongélation.
Insectes
  1. Utilisez un récipient propre et stérile ou une plaque 96 puits. Rincez brièvement avec du PBS stérile si une décontamination de surface est nécessaire.
  2. Centrifugez éventuellement à 300 g, 4 °C, 5 min pour retirer les débris externes, puis retirez soigneusement les insectes de tout milieu liquide.
  3. Congelez instantanément à l'azote liquide ou à −80 °C, ou conservez dans du RNAlater® (ratio préservatif/échantillon 5–10× ; 4 °C pendant 24–48h, puis −80 °C pour un stockage long terme).
  4. Évitez les cycles répétés de congélation/décongélation avant livraison.

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