Consignes de soumission des échantillons

Préparez vos échantillons pour réussir.

Notre portefeuille couvre la génomique, la transcriptomique, la métagénomique, l'épigénomique, le séquençage cellule unique, le génotypage et plus encore. Un acide nucléique de qualité en entrée est ce qui rend possible des données de qualité en sortie — ces consignes couvrent le conditionnement, l'étiquetage, l'expédition et les exigences minimales d'échantillon pour chaque service, afin que votre projet démarre du bon pied.

Sur cette page
  1. Formulaire de soumission & étiquetage
  2. Consignes d'expédition
  3. Exigences pour le séquençage ADN
  4. PCR quantitative & génotypage
  5. Exigences pour le séquençage ARN
  6. Séquençage longues lectures
  7. Séquençage épigénomique
  8. Génomique cellule unique & spatiale
  9. Échantillons protéomiques
  10. Quantités suggérées par type d'échantillon
  11. Protocoles d'échantillonnage étape par étape

Avant d'expédier

Le formulaire de soumission des échantillons

Chaque envoi nécessite un formulaire de soumission des échantillons complété — électronique (envoyé par email à l'avance) ou sur papier avec les échantillons. Les noms d'échantillons sur le formulaire doivent correspondre exactement aux étiquettes des tubes, en nom et en quantité. Merci d'envoyer également une copie électronique du formulaire et toute donnée QC déjà disponible (concentration, ratios OD, RIN) avant l'arrivée.

Étiquetage des tubes. Étiquetez le dessus de chaque bouchon de tube avec un maximum de 4 caractères alphanumériques (ex. 4B01). Écrivez les noms d'échantillons au marqueur permanent noir sur le dessus et le côté du tube — jamais avec un feutre à l'huile directement sur la paroi du tube.

Vous envoyez de la matière brute plutôt que des acides nucléiques extraits ? Notre plateforme Préparation & Extraction des échantillons et notre plateforme Contrôle qualité se chargent de l'extraction et du rapport QC pour vous — les protocoles de la section étape par étape ci-dessous couvrent les types d'échantillons bruts les plus courants.

Conditionnement & expédition

Consignes d'expédition

Une adresse d'expédition, une check-list de suivi et les détails du compte transporteur sont fournis une fois votre réservation confirmée — la logistique varie selon la plateforme et le site du laboratoire. Les règles ci-dessous s'appliquent à tout envoi.

  1. Faites correspondre le formulaire à l'envoi. Vérifiez que les noms et quantités d'échantillons sur le formulaire de soumission correspondent exactement à ce qui est physiquement envoyé.
  2. Utilisez des tubes à centrifuger de 1,5 mL autant que possible, scellés au parafilm. Insérez-les dans des tubes à centrifuger de 50 mL (ou un autre support rigide) rembourrés de coton ou de mousse, pour qu'ils ne puissent pas être écrasés en transit.
  3. Pour les projets à grande échelle, utilisez des plaques PCR 96 puits semi- ou totalement jupées bien scellées, ou des barrettes de tubes à bouchons individuels attachés. Scellez chaque puits avec une feuille/film adhésif et calez la plaque ou les barrettes dans une boîte solide. Expédiez les plaques sur pain de glace bleu congelé ou glace carbonique pour que les échantillons restent congelés tout au long du transport.
  4. N'écrivez jamais directement sur le tube avec un feutre à l'huile. Utilisez un marqueur permanent noir sur le dessus et le côté de chaque tube.
  5. L'ADN dans de l'éthanol à 70 % peut voyager à température ambiante. L'ADN dans H₂O ou tampon TE nécessite des pains de glace.
  6. ARN, cellules, bactéries et tissu congelé doivent être congelés instantanément à l'azote liquide, puis expédiés sur glace carbonique. La quantité de glace carbonique/pains de glace nécessaire dépend de la saison, du temps de transit et de l'épaisseur de la boîte en mousse.
  7. Les échantillons de sang voyagent mieux dans des récipients de prélèvement anticoagulants en plastique de 5–10 mL, chacun enveloppé dans du papier bulle et emballé dans une boîte rigide pour éviter l'écrasement.
  8. Prévenez-nous avant l'expédition — envoyez le formulaire de soumission des échantillons et le numéro de suivi par email afin que nous puissions enregistrer et traiter vos échantillons à leur arrivée. Nous ne pouvons pas réceptionner de colis le week-end, merci de programmer les envois pour arriver un jour ouvré.
  9. Nous recommandons FedEx, DHL ou UPS pour tous les envois.

Plateforme Génomique

Exigences d'échantillon pour le service de séquençage ADN

L'ADN peut être soumis dans de l'eau sans DNase, un tampon d'élution, ou du Tris 10mM pH 8,0. Les échantillons doivent être traités à la RNase, ne présenter aucune dégradation ou contamination, et avoir un OD260/280 aussi proche que possible de 1,8–2,0. Expédier avec des pains de glace. Ces exigences s'appliquent à notre plateforme Génomique.

Note sur la concentration. Les valeurs ci-dessous supposent une mesure par fluorométrie (Picogreen/Qubit/RiboGreen). Si vous utilisez la spectrophotométrie (ex. Nanodrop) à la place, augmentez les concentrations d'environ 2×.
Services Illumina — ADN10 services · voir le tableau complet +
ServiceType d'échantillonQuantité recommandéeQuantité minimaleConcentration minimale
Séquençage du génome entierADN génomique≥ 500 ng200 ng10 ng/µL
Séquençage du génome entier (sans PCR)ADN génomique≥ 1 µg500 ng20 ng/µL
Séquençage de l'exome entierADN génomique≥ 500 ng100 ng10 ng/µL
Séquençage complet de l'ADN plasmidiqueADN plasmidique≥ 1 µg500 ng20 ng/µL
Séquençage du génome viralADN génomique≥ 1 µg500 ng20 ng/µL
Séquençage d'ampliconsAmplicon purifié≥ 1 µg500 ng20 ng/µL
GBS / ddRADADN génomique≥ 300 ng100 ng10 ng/µL
Séquençage métagénomiqueADN métagénomique≥ 500 ng20 ng5 ng/µL
Séquençage 16S / 18S / ITSADN génomique≥ 100 ng10 ng1 ng/µL
Génotypage SSRADN génomique≥ 500 ng200 ng10 ng/µL
Typage HLAADN génomique≥ 200 ng
Cellules, PBMC≥ 1×10⁶
Sang≥ 1 mL
Écouvillon buccal2 écouvillons
Goutte de sang séché (DBS)2 taches entièrement remplies, 10 mm de diamètre chacune
TCR-SeqADN génomique≥ 2 µg20 ng/µL
PBMC≥ 2×10⁵
Tissu animal≥ 500 mg
Sang≥ 0,5 mL

Les lignes Séquençage métagénomique et 16S/18S/ITS ci-dessus sont réalisées via notre plateforme Métagénomique & Microbiome ; voir aussi la métagénomique longues lectures ci-dessous pour les workflows d'amplicons pleine longueur ou shotgun.

Plateforme PCR quantitative & Génotypage

Échantillons qPCR, PCR digitale & génotypage

Couvre la plateforme PCR quantitative & Génotypage — qPCR, PCR digitale (dPCR), génotypage SNP/CNV et tests de détection de pathogènes. La préparation d'échantillon est plus légère qu'un séquençage complet, et le délai est rapide.

Entrées typiques. ADN génomique ou ADNc à 1–50 ng par réaction, selon l'abondance de la cible et la conception du test — l'entrée exacte est confirmée une fois votre cible et votre plateforme (qPCR vs. dPCR) cadrées. Le génotypage SNP et les tests de détection de pathogènes suivent généralement la même exigence de qualité d'ADN que nos services de séquençage (OD260/280 proche de 1,8–2,0, aucune dégradation). Pour la RT-qPCR à partir d'ARN, utilisez les mêmes seuils de qualité ARN que pour le séquençage ARN (A260/280 ≥ 1,8, RIN ≥ 6 le cas échéant).

Pour les quantités d'échantillon de génotypage SSR et typage HLA, voir le tableau de séquençage ADN ci-dessus — ces tests partagent le même format de soumission.

Plateforme Transcriptomique

Exigences d'échantillon pour le service de séquençage ARN

L'ARN peut être soumis dans de l'eau sans RNase, un réactif de stabilisation ARN, ou du Tris 10mM pH 8,0. L'ARN total doit être exempt d'ADN, avec A260/A280 ≥ 1,8, A260/A230 ≥ 1,8 et RIN ≥ 6. Expédier sur glace carbonique. Ces exigences s'appliquent à notre plateforme Transcriptomique (RNA-seq bulk et validation RT-qPCR).

Note sur la concentration. Les valeurs ci-dessous supposent une mesure par fluorométrie. Vous utilisez la spectrophotométrie à la place (ex. Nanodrop) ? Augmentez les concentrations d'environ 2×.
Services de séquençage ARN12 services · voir le tableau complet +
ServiceType d'échantillonQuantité recommandéeQuantité minimaleConcentration minimale
Séquençage du transcriptome entierARN total≥ 3 µg1 µg20 ng/µL
Séquençage ARN à faible quantité d'entréeARN total≥ 20 ng20 pg1 pg/µL
Séquençage ARNmARN total≥ 500 ng200 ng20 ng/µL
Cellules≥ 1×10⁶
Tissu≥ 50 mg10 mg
Séquençage ARN total / LncRNAARN total≥ 2 µg500 ng50 ng/µL
Cellules≥ 2×10⁶
Tissu≥ 500 mg100 mg
Séquençage ARNc (digestion de l'ARN linéaire)ARN total≥ 5 µg2 µg50 ng/µL
Cellules≥ 2×10⁶
Tissu≥ 500 mg100 mg
MétatranscriptomeARN total≥ 4 µg3 µg50 ng/µL
Cellules≥ 5×10⁶
Échantillons environnementaux≥ 1,5 g
Séquençage ARN bactérienARN total≥ 1 µg
Cellules≥ 1×10⁷
TCR-seqARN total≥ 100 ng10 ng/µL
Ribo-seqCellules≥ 5×10⁶–10⁷
Tissu≥ 400 mg200 mg
RNA-seq doubleARN total≥ 1 µg200 ng10 ng/µL
Cellules≥ 5×10⁶
Tissu≥ 500 mg100 mg
Séquençage ARN exosomalARN total≥ 100 ng20 ng/µL
Surnageants cellulaires≥ 15 mL
Sérum, plasma≥ 1 mL

Le Séquençage ARN exosomal ci-dessus couvre l'analyse du contenu sur notre plateforme Exosomes & VE. L'isolement et la caractérisation des VE (NTA, Western blot) utilisent les mêmes volumes de biofluide de départ — confirmez le volume exact avec nous si vous avez besoin d'un isolement seul, sans RNA-seq.

Séquençage longues lectures

Exigences PacBio & Nanopore

Les plateformes longues lectures ont des exigences d'entrée plus élevées que les services Illumina courtes lectures — prévoyez un volume d'extraction plus important si c'est votre plateforme cible.

Séquençage ADN longues lecturesvoir le tableau complet +
ServiceType d'échantillonQuantité recommandéeQuantité minimaleConcentration minimale
Séquençage du génome entier (PacBio)ADN génomique≥ 3 µg80 ng/µL
Séquençage du génome entier (Nanopore)ADN génomique≥ 5 µg20 ng/µL
Séquençage plasmidique (Nanopore)ADN génomique≥ 1 µg500 ng10 ng/µL
Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS pleine longueurADN génomique≥ 500 ng10 ng/µL
Tissu1–3 g1 g
Thalle5 g3 g
Liquide interstitiel3–5 mL1 mL
Échantillons environnementaux / membrane filtrante d'eau3–5 g / 3 membranes1 g
Séquençage métagénomique longues lecturesADN génomique≥ 2 µg30 ng/µL
Tissu2 g1 g
Liquide interstitiel, sédiment6–10 mL, 2 g2 mL, sédiment
Échantillons environnementaux / membrane filtrante d'eau6 g / 6 membranes2 g / 2 membranes
Séquençage ARN longues lectures — RIN ≥ 8 requisvoir le tableau complet +
ServiceType d'échantillonQuantité recommandée
Séquençage Nanopore des transcrits pleine longueurARN total≥ 2 µg
Séquençage ARN direct NanoporeARN total≥ 15 µg

Plateforme Génomique

Exigences pour le séquençage épigénomique

L'ATAC-seq, la méthylation et le séquençage bisulfite sont réalisés via notre plateforme Génomique, aux côtés du séquençage ADN standard.

Exigences d'échantillon épigénomiquevoir le tableau complet +
ServiceType d'échantillonQuantité recommandéeQuantité minimaleConcentration minimale
ATAC-seqCellules≥ 1×10⁶5×10⁴
Tissu≥ 500 mg200 mg
MeDIP-seq / hMeDIP-seqADN génomique≥ 2 µg1 µg20 ng/µL
WGBS (séquençage bisulfite du génome entier)ADN génomique≥ 1 µg200 ng10 ng/µL
Cellules≥ 1×10⁶
Tissu≥ 50 mg
RRBS (séquençage bisulfite à représentation réduite)ADN génomique≥ 1 µg20 ng20 ng/µL
Cellules≥ 5×10⁶3×10³
Tissu≥ 30 mg
Séquençage bisulfite cibléADN génomique≥ 500 ng50 ng10 ng/µL
Cellules≥ 1×10⁶
Tissu≥ 20 mg

Plateformes Transcriptomique & Génomique

Séquençage cellule unique & génomique spatiotemporelle

Le ScRNA-seq et le 10X Visium sont réalisés sur notre plateforme Transcriptomique ; le scATAC-seq et le séquençage du génome de cellule unique sont réalisés sur notre plateforme Génomique.

Exigences cellule unique & génomique spatialevoir le tableau complet +
ServiceType d'échantillonQuantité & qualité recommandéesQuantité & qualité minimales
ScRNA-seqSuspension de cellules uniques, tissu frais2×10⁶ cellules1×10⁶ cellules
SnRNA-seqTissu congelé instantanément≥ 100 mg — merci de nous contacter pour plus de détails
Transcriptome spatial 10X VisiumTissu inclus en OCT, FFPESection de 6,5 mm × 6,5 mm
scATAC-seqSuspension de noyaux de cellules uniques1×10⁶ · noyaux <40 µm, membrane intacte, proportion intacte >95 %5×10⁵
Suspension de cellules uniques≥1×10⁶ · viabilité >80 %, 700–1200 cellules/µL5×10⁵
Tissu frais200 mg
Sang total (EDTA)≥ 5 mL
Séquençage du génome de cellule uniqueCellules1–10³ · conservées en 1× PBS (sans Ca²⁺/Mg²⁺), ≤2 µL de volume
ADN≥ 0,5 pg
ScRRBSLignées cellulaires, cellules primaires, tissu frais, cellules congeléesTubes PCR 200 µL, 5 µL de lysat/tube, ≤1 µL de tampon lors du prélèvement des cellules · ≥3 réplicats biologiques

Plateforme Protéomique

Échantillons protéines & protéomique

Notre plateforme Protéomique couvre le Western blot en interne et les panels de biomarqueurs, ainsi que la protéomique par spectrométrie de masse réalisée via notre réseau de partenaires spécialisés.

Entrées typiques. Western blot / panels de biomarqueurs : 10–30 µg de lysat protéique total par puits est un point de départ courant, bien que cela varie selon l'abondance de la cible et la sensibilité de l'anticorps. L'entrée pour la protéomique par spectrométrie de masse (dépendante de la profondeur — des panels ciblés au profilage shotgun approfondi) est confirmée directement avec notre laboratoire partenaire une fois votre projet cadré. Pour tout workflow protéique, conservez les échantillons au froid (4 °C à court terme) ou congelés instantanément à −80 °C, et évitez les cycles répétés de congélation/décongélation des lysats.

Vous ne savez pas quelle quantité d'échantillon vous avez vs. dont vous avez besoin ? Indiquez-nous votre type d'échantillon et nous confirmerons l'entrée exacte avant que vous n'expédiiez quoi que ce soit.

Conseils généraux

Quantités suggérées par type d'échantillon

Une référence rapide si vous ne savez pas encore quel service vous convient — pour les exigences exactes, faites correspondre votre service cible aux tableaux ci-dessus.

Cellule

Qté
1×10⁶ cellules
Expédition
Glace carbonique

Tissu frais congelé

Qté
10 mg
Expédition
Glace carbonique

FFPE

Qté
≥4 lames, 5–20 µm, >150 mm²
Expédition
Température ambiante / pain de glace

Particules virales

Qté
5×10⁹
Expédition
Glace carbonique

Selles

Qté
100 mg
Expédition
Glace carbonique

Écouvillons

Qté
2 tubes/échantillon, 1 écouvillon/tube
Expédition
Température ambiante

Salive

Qté
1 mL
Expédition
Glace carbonique / pain de glace

Sol

Qté
100 mg
Expédition
Température ambiante / pain de glace

Eau

Qté
50 mL
Expédition
Température ambiante / pain de glace

Plasma / sérum

Qté
10 mL
Expédition
Glace carbonique

Sang total — frais (EDTA)

Qté
2 mL
Expédition
Pain de glace

Sang total — congelé (EDTA)

Qté
4 mL
Expédition
Glace carbonique

Sang total — PAXgene, congelé

Qté
2,5 mL
Expédition
Glace carbonique

Sang total — tube ARN Tempus

Qté
3 mL
Expédition
Glace carbonique

Fluides corporels — ADNg

Qté
500 µL
Expédition
Pain de glace

Fluides corporels — ADN acellulaire

Qté
500–10 000 µL
Expédition
Glace carbonique

Étape par étape

Protocoles d'échantillonnage par type d'échantillon

Étapes détaillées de collecte et de conservation pour les types d'échantillons les plus courants. Vous ne savez pas lequel s'applique à vous, ou vous travaillez avec quelque chose qui n'est pas listé ? Demandez-nous — nous conseillons couramment sur la préparation d'échantillon avant le démarrage d'un projet.

Cellules adhérentes
  1. Vérifiez les cellules au microscope pour une bonne condition de croissance (une confluence normale est d'environ 80 %).
  2. Retirez le milieu de culture et rincez rapidement, deux fois, avec du tampon PBS pré-refroidi.
  3. Placez la boîte sur glace, ajoutez du PBS pré-refroidi, et grattez les cellules avec un grattoir propre, en inclinant la boîte pour que le tampon s'écoule d'un côté. Pipetez dans un tube à centrifuger pré-refroidi et centrifugez à 500–600 g, puis jetez le surnageant.
  4. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Suspension cellulaire
  1. Remettez délicatement les cellules en suspension depuis la bouteille/boîte de culture avec une pipette et transférez dans un tube à centrifuger de 15 mL.
  2. Centrifugez à 400–1000 g, 4 °C, pendant 5–10 minutes. Jetez le surnageant.
  3. Lavez le culot deux fois avec du PBS pré-refroidi, gardez sur glace, jetez le surnageant.
  4. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Tissu animal
  1. Immédiatement après l'isolement, retirez le tissu conjonctif et adipeux non nécessaire à l'étude. Coupez les échantillons volumineux en petits morceaux (≤0,5 cm de côté).
  2. Rincez rapidement avec une solution saline ou du PBS pré-refroidis, séchez avec du papier non pelucheux, et placez dans un tube à centrifuger de 1,5–2 mL.
  3. Congelez instantanément et stockez à −80 °C. Divisez les échantillons volumineux en aliquotes.
Tissu végétal & fongique
  1. Lavez les échantillons frais immédiatement avec de l'eau DEPC et séchez avec du papier non pelucheux.
  2. Coupez en morceaux de 1–2 cm ou 50–100 mg et placez dans des tubes de 2, 15 ou 50 mL.
  3. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Échantillons bactériens
  1. Recueillez le liquide bactérien dans un tube à centrifuger de 50 mL, centrifugez à 3000–5000 g / 10 min à 4 °C pour culotter les bactéries, et retirez autant de milieu de culture que possible.
  2. Lavez deux fois avec 5–10 mL d'eau stérile ou de PBS, transférez dans un tube de 1,5–2,0 mL, centrifugez à 1500 tr/min / 10 min à 4 °C, jetez le surnageant et conservez le culot.
  3. Congelez instantanément à l'azote liquide et stockez à −80 °C.
Sang total
  1. Recueillez dans un milieu adapté (ex. QIAGEN PAXgene) en suivant les instructions du fabricant — >500 µL par tube, 2 tubes par échantillon.
  2. Échantillons frais : conservez et expédiez réfrigérés avec un pack de glace humide/bleue.
  3. Échantillons congelés : expédiez en overnight, congelés, emballés avec un rembourrage bulle protecteur, glace carbonique entourant tous les côtés.
  4. Pour les tubes PAXgene ARN, recueillez >2,5 mL de sang (rendement attendu ≈ >3 µg d'ARN).
Plasma
  1. Prélevez 10 mL de sang total dans des tubes EDTA (bouchon violet) de 5 mL. Mélangez délicatement — le sang total peut se conserver à 4 °C jusqu'à 1 h avant traitement.
  2. Centrifugez à 1900 g, 4 °C, 10 min avec un rotor à godets. Aspirez soigneusement le plasma, en écartant les derniers 500 µL près de l'interface.
  3. Re-centrifugez le plasma à 3000 g, 4 °C, 15 min, en évitant le sédiment.
  4. Sous-conditionnez dans des tubes EP et congelez à −80 °C — évitez les cycles répétés de congélation/décongélation.
Sérum
  1. Recueillez 10 mL de sang dans un tube sérum simple (sans anticoagulant).
  2. Laissez reposer 30 min à température ambiante, puis 3–4 h à 4 °C jusqu'à coagulation.
  3. Aspirez le sérum jaune pâle (~4 mL) dans un tube de 15 mL et centrifugez à 3000 g, 4 °C, 15 min. Transférez le surnageant dans un tube neuf.
  4. Congelez à −80 °C dans les 15 minutes suivant la centrifugation pour éviter les cycles répétés de congélation/décongélation.
PBMC
  1. Recueillez au moins 7,5 mL de sang pour l'isolement.
  2. Remettez les PBMC en suspension dans RPMI 1640 + 10 % FBS, en ajustant la concentration à 1×10⁶–1×10⁷ cellules/mL.
  3. Centrifugez 10–15 min à 350 × g et jetez le surnageant.
  4. Congelez instantanément le culot à l'azote liquide et stockez à −80 °C. Les culots nécessitent au moins 10⁶ cellules et doivent être expédiés sur glace carbonique.
FFPE (fixé au formol, inclus en paraffine)
  1. Environ 80 mg de tissu sont nécessaires par échantillon.
  2. Nettoyez le tissu avec du PBS ou une solution saline, puis immergez-le entièrement dans du fixateur formaldéhyde dans les 30 minutes suivant le prélèvement. Scellez le récipient avec un film d'étanchéité.
  3. Fixez le tissu frais pendant 24 h maximum (ou selon les instructions du kit de prétraitement). Les blocs/lames FFPE peuvent être expédiés à température ambiante.
Corps d'eau / membrane filtrante
  1. Prélevez au moins 1–2 L d'eau (une eau légèrement trouble convient).
  2. Transportez à basse température tout au long.
  3. Sélectionnez la taille de pore de la membrane filtrante selon votre cible de recherche.
  4. Après congélation à l'azote liquide, placez dans un tube stérile sans RNase et expédiez sur glace carbonique.
Urine
  1. Recueillez dans un tube de 15 ou 50 mL, centrifugez à 300 g, 4 °C, 10 min, et transférez le surnageant dans un tube propre sans perturber le sédiment.
  2. Centrifugez à nouveau à 3000 g, 4 °C, 15 min pour retirer cellules/fragments. Congelez le surnageant à −80 °C avant livraison, en évitant les cycles répétés de congélation/décongélation.
Insectes
  1. Utilisez un récipient propre et stérile ou une plaque 96 puits. Rincez brièvement avec du PBS stérile si une décontamination de surface est nécessaire.
  2. Centrifugez éventuellement à 300 g, 4 °C, 5 min pour retirer les débris externes, puis retirez soigneusement les insectes de tout milieu liquide.
  3. Congelez instantanément à l'azote liquide ou à −80 °C, ou conservez dans du RNAlater® (ratio préservatif/échantillon 5–10× ; 4 °C pendant 24–48h, puis −80 °C pour un stockage long terme).
  4. Évitez les cycles répétés de congélation/décongélation avant livraison.

Vous ne savez pas quel service vous convient ?

Indiquez-nous votre type d'échantillon et votre question biologique — nous cadrerons la bonne plateforme.