Consignes de soumission des échantillons
Notre portefeuille couvre la génomique, la transcriptomique, la métagénomique, l'épigénomique, le séquençage cellule unique, le génotypage et plus encore. Un acide nucléique de qualité en entrée est ce qui rend possible des données de qualité en sortie — ces consignes couvrent le conditionnement, l'étiquetage, l'expédition et les exigences minimales d'échantillon pour chaque service, afin que votre projet démarre du bon pied.
Avant d'expédier
Chaque envoi nécessite un formulaire de soumission des échantillons complété — électronique (envoyé par email à l'avance) ou sur papier avec les échantillons. Les noms d'échantillons sur le formulaire doivent correspondre exactement aux étiquettes des tubes, en nom et en quantité. Merci d'envoyer également une copie électronique du formulaire et toute donnée QC déjà disponible (concentration, ratios OD, RIN) avant l'arrivée.
Vous envoyez de la matière brute plutôt que des acides nucléiques extraits ? Notre plateforme Préparation & Extraction des échantillons et notre plateforme Contrôle qualité se chargent de l'extraction et du rapport QC pour vous — les protocoles de la section étape par étape ci-dessous couvrent les types d'échantillons bruts les plus courants.
Conditionnement & expédition
Une adresse d'expédition, une check-list de suivi et les détails du compte transporteur sont fournis une fois votre réservation confirmée — la logistique varie selon la plateforme et le site du laboratoire. Les règles ci-dessous s'appliquent à tout envoi.
Plateforme Génomique
L'ADN peut être soumis dans de l'eau sans DNase, un tampon d'élution, ou du Tris 10mM pH 8,0. Les échantillons doivent être traités à la RNase, ne présenter aucune dégradation ou contamination, et avoir un OD260/280 aussi proche que possible de 1,8–2,0. Expédier avec des pains de glace. Ces exigences s'appliquent à notre plateforme Génomique.
| Service | Type d'échantillon | Quantité recommandée | Quantité minimale | Concentration minimale |
|---|---|---|---|---|
| Séquençage du génome entier | ADN génomique | ≥ 500 ng | 200 ng | 10 ng/µL |
| Séquençage du génome entier (sans PCR) | ADN génomique | ≥ 1 µg | 500 ng | 20 ng/µL |
| Séquençage de l'exome entier | ADN génomique | ≥ 500 ng | 100 ng | 10 ng/µL |
| Séquençage complet de l'ADN plasmidique | ADN plasmidique | ≥ 1 µg | 500 ng | 20 ng/µL |
| Séquençage du génome viral | ADN génomique | ≥ 1 µg | 500 ng | 20 ng/µL |
| Séquençage d'amplicons | Amplicon purifié | ≥ 1 µg | 500 ng | 20 ng/µL |
| GBS / ddRAD | ADN génomique | ≥ 300 ng | 100 ng | 10 ng/µL |
| Séquençage métagénomique | ADN métagénomique | ≥ 500 ng | 20 ng | 5 ng/µL |
| Séquençage 16S / 18S / ITS | ADN génomique | ≥ 100 ng | 10 ng | 1 ng/µL |
| Génotypage SSR | ADN génomique | ≥ 500 ng | 200 ng | 10 ng/µL |
| Typage HLA | ADN génomique | ≥ 200 ng | — | — |
| Cellules, PBMC | ≥ 1×10⁶ | — | — | |
| Sang | ≥ 1 mL | — | — | |
| Écouvillon buccal | 2 écouvillons | — | — | |
| Goutte de sang séché (DBS) | 2 taches entièrement remplies, 10 mm de diamètre chacune | — | — | |
| TCR-Seq | ADN génomique | ≥ 2 µg | — | 20 ng/µL |
| PBMC | ≥ 2×10⁵ | — | — | |
| Tissu animal | ≥ 500 mg | — | — | |
| Sang | ≥ 0,5 mL | — | — |
Les lignes Séquençage métagénomique et 16S/18S/ITS ci-dessus sont réalisées via notre plateforme Métagénomique & Microbiome ; voir aussi la métagénomique longues lectures ci-dessous pour les workflows d'amplicons pleine longueur ou shotgun.
Plateforme PCR quantitative & Génotypage
Couvre la plateforme PCR quantitative & Génotypage — qPCR, PCR digitale (dPCR), génotypage SNP/CNV et tests de détection de pathogènes. La préparation d'échantillon est plus légère qu'un séquençage complet, et le délai est rapide.
Pour les quantités d'échantillon de génotypage SSR et typage HLA, voir le tableau de séquençage ADN ci-dessus — ces tests partagent le même format de soumission.
Plateforme Transcriptomique
L'ARN peut être soumis dans de l'eau sans RNase, un réactif de stabilisation ARN, ou du Tris 10mM pH 8,0. L'ARN total doit être exempt d'ADN, avec A260/A280 ≥ 1,8, A260/A230 ≥ 1,8 et RIN ≥ 6. Expédier sur glace carbonique. Ces exigences s'appliquent à notre plateforme Transcriptomique (RNA-seq bulk et validation RT-qPCR).
| Service | Type d'échantillon | Quantité recommandée | Quantité minimale | Concentration minimale |
|---|---|---|---|---|
| Séquençage du transcriptome entier | ARN total | ≥ 3 µg | 1 µg | 20 ng/µL |
| Séquençage ARN à faible quantité d'entrée | ARN total | ≥ 20 ng | 20 pg | 1 pg/µL |
| Séquençage ARNm | ARN total | ≥ 500 ng | 200 ng | 20 ng/µL |
| Cellules | ≥ 1×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 50 mg | 10 mg | — | |
| Séquençage ARN total / LncRNA | ARN total | ≥ 2 µg | 500 ng | 50 ng/µL |
| Cellules | ≥ 2×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 500 mg | 100 mg | — | |
| Séquençage ARNc (digestion de l'ARN linéaire) | ARN total | ≥ 5 µg | 2 µg | 50 ng/µL |
| Cellules | ≥ 2×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 500 mg | 100 mg | — | |
| Métatranscriptome | ARN total | ≥ 4 µg | 3 µg | 50 ng/µL |
| Cellules | ≥ 5×10⁶ | — | — | |
| Échantillons environnementaux | ≥ 1,5 g | — | — | |
| Séquençage ARN bactérien | ARN total | ≥ 1 µg | — | — |
| Cellules | ≥ 1×10⁷ | — | — | |
| TCR-seq | ARN total | ≥ 100 ng | — | 10 ng/µL |
| Ribo-seq | Cellules | ≥ 5×10⁶–10⁷ | — | — |
| Tissu | ≥ 400 mg | 200 mg | — | |
| RNA-seq double | ARN total | ≥ 1 µg | 200 ng | 10 ng/µL |
| Cellules | ≥ 5×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 500 mg | 100 mg | — | |
| Séquençage ARN exosomal | ARN total | ≥ 100 ng | — | 20 ng/µL |
| Surnageants cellulaires | ≥ 15 mL | — | — | |
| Sérum, plasma | ≥ 1 mL | — | — |
Le Séquençage ARN exosomal ci-dessus couvre l'analyse du contenu sur notre plateforme Exosomes & VE. L'isolement et la caractérisation des VE (NTA, Western blot) utilisent les mêmes volumes de biofluide de départ — confirmez le volume exact avec nous si vous avez besoin d'un isolement seul, sans RNA-seq.
Séquençage longues lectures
Les plateformes longues lectures ont des exigences d'entrée plus élevées que les services Illumina courtes lectures — prévoyez un volume d'extraction plus important si c'est votre plateforme cible.
| Service | Type d'échantillon | Quantité recommandée | Quantité minimale | Concentration minimale |
|---|---|---|---|---|
| Séquençage du génome entier (PacBio) | ADN génomique | ≥ 3 µg | — | 80 ng/µL |
| Séquençage du génome entier (Nanopore) | ADN génomique | ≥ 5 µg | — | 20 ng/µL |
| Séquençage plasmidique (Nanopore) | ADN génomique | ≥ 1 µg | 500 ng | 10 ng/µL |
| Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS pleine longueur | ADN génomique | ≥ 500 ng | — | 10 ng/µL |
| Tissu | 1–3 g | 1 g | — | |
| Thalle | 5 g | 3 g | — | |
| Liquide interstitiel | 3–5 mL | 1 mL | — | |
| Échantillons environnementaux / membrane filtrante d'eau | 3–5 g / 3 membranes | 1 g | — | |
| Séquençage métagénomique longues lectures | ADN génomique | ≥ 2 µg | — | 30 ng/µL |
| Tissu | 2 g | 1 g | — | |
| Liquide interstitiel, sédiment | 6–10 mL, 2 g | 2 mL, sédiment | — | |
| Échantillons environnementaux / membrane filtrante d'eau | 6 g / 6 membranes | 2 g / 2 membranes | — |
| Service | Type d'échantillon | Quantité recommandée |
|---|---|---|
| Séquençage Nanopore des transcrits pleine longueur | ARN total | ≥ 2 µg |
| Séquençage ARN direct Nanopore | ARN total | ≥ 15 µg |
Plateforme Génomique
L'ATAC-seq, la méthylation et le séquençage bisulfite sont réalisés via notre plateforme Génomique, aux côtés du séquençage ADN standard.
| Service | Type d'échantillon | Quantité recommandée | Quantité minimale | Concentration minimale |
|---|---|---|---|---|
| ATAC-seq | Cellules | ≥ 1×10⁶ | 5×10⁴ | — |
| Tissu | ≥ 500 mg | 200 mg | — | |
| MeDIP-seq / hMeDIP-seq | ADN génomique | ≥ 2 µg | 1 µg | 20 ng/µL |
| WGBS (séquençage bisulfite du génome entier) | ADN génomique | ≥ 1 µg | 200 ng | 10 ng/µL |
| Cellules | ≥ 1×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 50 mg | — | — | |
| RRBS (séquençage bisulfite à représentation réduite) | ADN génomique | ≥ 1 µg | 20 ng | 20 ng/µL |
| Cellules | ≥ 5×10⁶ | 3×10³ | — | |
| Tissu | ≥ 30 mg | — | — | |
| Séquençage bisulfite ciblé | ADN génomique | ≥ 500 ng | 50 ng | 10 ng/µL |
| Cellules | ≥ 1×10⁶ | — | — | |
| Tissu | ≥ 20 mg | — | — |
Plateformes Transcriptomique & Génomique
Le ScRNA-seq et le 10X Visium sont réalisés sur notre plateforme Transcriptomique ; le scATAC-seq et le séquençage du génome de cellule unique sont réalisés sur notre plateforme Génomique.
| Service | Type d'échantillon | Quantité & qualité recommandées | Quantité & qualité minimales |
|---|---|---|---|
| ScRNA-seq | Suspension de cellules uniques, tissu frais | 2×10⁶ cellules | 1×10⁶ cellules |
| SnRNA-seq | Tissu congelé instantanément | ≥ 100 mg — merci de nous contacter pour plus de détails | |
| Transcriptome spatial 10X Visium | Tissu inclus en OCT, FFPE | Section de 6,5 mm × 6,5 mm | |
| scATAC-seq | Suspension de noyaux de cellules uniques | 1×10⁶ · noyaux <40 µm, membrane intacte, proportion intacte >95 % | 5×10⁵ |
| Suspension de cellules uniques | ≥1×10⁶ · viabilité >80 %, 700–1200 cellules/µL | 5×10⁵ | |
| Tissu frais | 200 mg | — | |
| Sang total (EDTA) | ≥ 5 mL | — | |
| Séquençage du génome de cellule unique | Cellules | 1–10³ · conservées en 1× PBS (sans Ca²⁺/Mg²⁺), ≤2 µL de volume | — |
| ADN | — | ≥ 0,5 pg | |
| ScRRBS | Lignées cellulaires, cellules primaires, tissu frais, cellules congelées | Tubes PCR 200 µL, 5 µL de lysat/tube, ≤1 µL de tampon lors du prélèvement des cellules · ≥3 réplicats biologiques | |
Plateforme Protéomique
Notre plateforme Protéomique couvre le Western blot en interne et les panels de biomarqueurs, ainsi que la protéomique par spectrométrie de masse réalisée via notre réseau de partenaires spécialisés.
Vous ne savez pas quelle quantité d'échantillon vous avez vs. dont vous avez besoin ? Indiquez-nous votre type d'échantillon et nous confirmerons l'entrée exacte avant que vous n'expédiiez quoi que ce soit.
Conseils généraux
Une référence rapide si vous ne savez pas encore quel service vous convient — pour les exigences exactes, faites correspondre votre service cible aux tableaux ci-dessus.
Étape par étape
Étapes détaillées de collecte et de conservation pour les types d'échantillons les plus courants. Vous ne savez pas lequel s'applique à vous, ou vous travaillez avec quelque chose qui n'est pas listé ? Demandez-nous — nous conseillons couramment sur la préparation d'échantillon avant le démarrage d'un projet.
Vous ne savez pas quel service vous convient ?